Analyse de l'ADN des anciens chiens d'Amérique : Identifier de possibles haplotypes fondateurs et reconstruire l'histoire des populations
Cet article n'apporte que peu d'informations et de réponses à la controverse mais propose une approche originale et ouvre de nouvelles perspectives pour sa résolution.
L'objectif est ici d'étudier l'évolution des chiens et leur migration à travers l'Amérique afin d'en déduire celle des humains..!
Le chien est le premier animal domestiqué par l'Homme, utilisé pour une grande variété d'usages et de fonctions, il a accompagné les populations humaines au cours de leurs migrations. En Amérique des traces de chiens sur des sites archéologiques remontent à près d'il y a entre 9000 et 10 500 ans. L'étude de sa génétique et de ses migrations apparaît donc logiquement comme un moyen pertinent de pouvoir retracer les migrations humaines et d'identifier l'origine des premiers peuplements humains en Amérique. Le temps de génération plus court des chiens devrait même pouvoir permettre d'identifier avec plus de précisions ces processus, théoriquement les chiens accumulant ainsi plus de variabilité.
Des régions hypervariables d'ADN (HVR) mitochondrial (mtDNA) de chiens natifs américains ont été analysées à partir de données issues de précédentes études et du séquençage de 42 chiens pré-colombiens originaires de sites archéologiques de l'Illinois, de la Colombie Britannique et du Colorado.
Des haplotypes fondateurs ont été identifiés par l’intermédiaire d'études statistiques, notamment par des modèles bayésiens. Les séquences analysées ont été comparées entre elles ainsi qu'à des données propres à des populations de chiens sibériens et de loups. La phylogénie et l'origine des chiens américains ont ainsi pu être identifiées.
Les résultats indiquent une origine sibérienne des chiens d'Amérique. Leur génome contient également des séquences propres aux populations de loups d'Amérique du Nord, indiquant d'éventuelles hybridations ou un hypothétique foyer de domestication secondaire.
Certaines populations de chiens américains présentent de très faibles variabilités génétique ce pourrait indiquer des processus de sélection orchestrés par les populations humaines et orientés vers certains traits liés à leur utilisation.
L'article met en évidence une origine sibérienne des chiens américains et soutient donc l'hypothèse selon laquelle des humains seraient venus en Amérique de Sibérie par la Béringie, accompagnés de leurs chiens. La présence de chiens en Amérique il y a entre 9000 et 10 500 ans indique une présence humaine (originaire de Sibérie) à cette époque.
Il ouvre de nouvelles perspectives pour identifier avec plus de précisions les migrations humaines à travers l'étude complémentaire de la génétique d'animaux liés à l'Homme tels que les chiens. L'étude de rats polynésiens a déjà permis d'élucider des questions liées aux migrations humaines en Océanie (Matisoo-Smith and Robins, 2004).
Envisager des recherches dans cette optique, avec ce type d'outils, pourrait permettre d'apporter des analyses complémentaires et des informations nouvelles pour alimenter le débat.
As dogs have traveled with humans to every continent, they can potentially serve as an excellent proxy
when studying human migration history. Past genetic studies into the origins of Native American dogs
have used portions of the hypervariable region (HVR) of mitochondrial DNA (mtDNA) to indicate that
prior to European contact the dogs of Native Americans originated in Eurasia. In this study, we summarize
past DNA studies of both humans and dogs to discuss their population histories in the Americas.
We then sequenced a portion of the mtDNA HVR of 42 pre-Columbian dogs from three sites located in
Illinois, coastal British Columbia, and Colorado, and identify four novel dog mtDNA haplotypes. Next, we
analyzed a dataset comprised of all available ancient dog sequences from the Americas to infer the pre-
Columbian population history of dogs in the Americas. Interestingly, we found low levels of genetic
diversity for some populations consistent with the possibility of deliberate breeding practices. Furthermore,
we identified multiple putative founding haplotypes in addition to dog haplotypes that closely
resemble those of wolves, suggesting admixture with North American wolves or perhaps a second
domestication of canids in the Americas. Notably, initial effective population size estimates suggest at
least 1000 female dogs likely existed in the Americas at the time of the first known canid burial, and that
population size increased gradually over time before stabilizing roughly 1200 years before present.
