Un génome sibérien du paléolithique supérieur révèle une double origine des premiers Américains
Un humérus provenant de Mal’ta (MA-1) et un humérus provenant de Afontova Gora-2 (AG-2) ont été échantillonnés au Musée Hermitage, à Saint-Pétersbourg, afin d’effectuer une analyse ADN et radiocarbone. Un séquençage d’ADN d’individus actuels ayant des ancêtres Avar, Mari, Tajik et Indiens a ensuite été effectué. Les extraits ADN modernes et anciens ont été constitués dans les bibliothèques Illumina et séquencées sur les plateformes Hiseq et MiSeq. Les lectures obtenues ont été alignés sur les builds hg18 et 37.1 du génome humain de référence. Une analyse en composantes principales a été effectuée afin de mettre en évidence les liens avec les populations modernes. Les graphiques admixture ont été mis en concordance avec les fréquences d’allèle en utilisant Treemix et MixMapper. Des modèles arborescents de populations ont été testés en utilisant des D-statistiques . La dérive génétique commune aux différentes populations a été estimée en utilisant des f3-statistiques.
Les résultats suggèrent que les populations à l’origine des Eurasiens de l’ouest contemporains avaient, il y a 24000 ans, une distribution plus au nord-est qu’on ne le pense communément. De plus, les auteurs ont estimé que 14 à 38% des premiers Américains peuvent être issus d’un flux de gènes provenant de ces anciennes populations. Il est probable que ce flux ait eu lieu après la divergence des ancêtres des premiers américains à partir des ancêtres asiatiques, mais avant la diversification des premiers Américains dans le « Nouveau Monde ».
The origins of the First Americans remain contentious. Although Native Americans seem to be genetically most closely related to east Asians, there is no consensus with regard to which specific Old World populations they are closest to. Here we sequence the draft genome of an approximately 24,000-year-old individual (MA-1), from Mal'ta in south-central Siberia, to an average depth of 1×. To our knowledge this is the oldest anatomically modern human genome reported to date. The MA-1 mitochondrial genome belongs to haplogroup U, which has also been found at high frequency among Upper Palaeolithic and Mesolithic European hunter-gatherers, and the Y chromosome of MA-1 is basal to modern-day western Eurasians and near the root of most Native American lineages. Similarly, we find autosomal evidence that MA-1 is basal to modern-day western Eurasians and genetically closely related to modern-day Native Americans, with no close affinity to east Asians. This suggests that populations related to contemporary western Eurasians had a more north-easterly distribution 24,000 years ago than commonly thought. Furthermore, we estimate that 14 to 38% of Native American ancestry may originate through gene flow from this ancient population. This is likely to have occurred after the divergence of Native American ancestors from east Asian ancestors, but before the diversification of Native American populations in the New World. Gene flow from the MA-1 lineage into Native American ancestors could explain why several crania from the First Americans have been reported as bearing morphological characteristics that do not resemble those of east Asians. Sequencing of another south-central Siberian, Afontova Gora-2 dating to approximately 17,000 years ago, revealed similar autosomal genetic signatures as MA-1, suggesting that the region was continuously occupied by humans throughout the Last Glacial Maximum. Our findings reveal that western Eurasian genetic signatures in modern-day Native Americans derive not only from post-Columbian admixture, as commonly thought, but also from a mixed ancestry of the First Americans.
