ADN Barcoding : Taux d’erreurs basé sur des échantillonnages complets
Hebert et al. suggèrent que un grand écart entre la variation intra et interspécifique représente une approche par seuil promettante. La méthode peut être extrêmement précis, sous certaines conditions. Cependant, Moritz et Cicéron soutiennent que le chevauchement est considérablement plus grand quand une plus grande proportion de taxons étroitement liés sont inclus, ce qui rend la méthode problématique.
Il existe une inquiétude de la communauté de la systématique, qui pensent que les séquences seules d'ADN mitochondrial peuvent être insuffisantes pour l'identification d'espèces.
Les auteurs présentent ici le premier ensemble de données suffisamment complètes (gastéropodes marins cypraeid ou cauris) pour évaluer de manière robuste l'efficacité du Barcoding.
Ils veulent déterminer :
Ils testent les performances du Barcoding et calculent la variation intra-spécifique et interspécifique à l’aide d’une nouvelle approche phylogénétique. Des taux d’erreur sont estimés entre (1) l’identification des espèces dans un échantillon contre une phylogénie bien caractérisée, et (2) l’aide à la découvertes d’espèces pour des groupes partiellement connus.
Ils utilisent des méthodes classiques, basés sur les arbres pour déterminer la précision de l'identification dans une phylogénie soigneusement échantillonnés. Un exemplaire de chaque espèce reconnue est utilisé comme référence ''code-barres'' dans les comparaisons topologiques.
L'attribution dune espèce inconnue à une connue est prometteur en particulier pour les groupes globalement bien échantillonnés qui ont été largement étudiés par la taxonomie morphologique et génétique. Dans ces ensembles de données la majorité des individus peuvent être identifiés avec succès dans 80% des cas par un court fragment d'ADN mitochondrial.
Cependant, le Barcoding est beaucoup moins efficace pour l'identification des taxons où un examen taxonomique n'a pas été approfondie. Dans ces groupes modestement connus, qui représentent la majeure partie de la vie sur Terre, de nombreuses espèces semblent être génétiquement non monophylétique en raison d'une taxonomie imparfaite, ce qui contribue à un taux élevé d'erreurs d'identification sur la base de code-barres.
Les auteurs montrent que le Barcoding est donc prometteur pour l’identification les groupe bien échantillonnés, mais l’utilisation de seuil de différence ne parait pas efficace pour des espèces de groupe peu étudié.
Les promesses du Barcoding pour la découverte des espèces (méthodes actuelles) devraient être tempérée. L'utilisation de seuils ne sont pas prometteuses et fortement déconseillée (les niveaux de chevauchement entre les différences intra et interspécifiques peuvent être importants dans la plupart des clades mal documentés).
Ainsi, pour créer un environnement efficace pour l'identification par codes à barres, des bases de données complètes, comparatifs sont nécessaires. Le mouvement de codes-barres va jouer un rôle de premier plan dans la création de normes et de protocoles pour l'établissement de ces bases de données, et pour faciliter leur développement.
