Une courte séquence d'ADN est-elle suffisante pour identifier les espèces ?



Cadre, focus et mise au point :

Introduction
La phylogénie est l'étude des relations de parenté entre les êtres vivants. Elle permet de trouver des liens de parenté entre des individus (pour recréer des arbres généalogiques), mais surtout de retracer les liens de parenté entre des populations ou des espèces entières. Grâce à l'essor d'outils et méthodes d'analyses génétiques, il est possible de determiner à quelle famille, population ou espèce un individu appartient : plus sa séquence d'ADN (support de l'information génétique) est proche de celles des individus d'une famille, population ou espèce, plus il a de liens de parenté avec celle-ci. On parle de distance génétique (souvent mesurée en % de différences génétiques).

Le barcoding est l'une de ces méthodes d’identification des espèces, et repose sur une courte séquence standardisée d’ADN pour determiner à quelle espèce appartient un individu isolé. Elle a été proposée par Hebert et al. (2003) et suppose que la distance génétique intraspécifique (entre individus d’une même espèce) est inférieure à la distance interspéficique (entre individus d’espèces différentes). Intuitivement, cela revient à dire que deux êtres humains sont génétiquement plus proches entre eux que chacun d'eux n'est proche d'un chimpanzé par exemple. Ainsi, les entités biologiques sont séparées entre elles par un « barcoding gap » (ou fossé de barcoding en français). Alors que l’intérêt pour cette technique a rapidement augmenté dans plusieurs domaines de la biologie, différentes critiques et remises en cause de son efficacité existent au sein de la communauté scientifique.

Questions
Le barcoding est-il un outil efficace et utile pour la classification des espèces ?
Quelles sont ses limites ?
Quels sont ses avantages et inconvénients par rapport à d'autres outils qui répondent au même objectif ?

Publiée il y a plus de 9 ans par Université de Montpellier et F. Giry.
Dernière modification il y a presque 9 ans.


Une courte séquence d'ADN est-elle suffisante pour identifier les espèces ?
Oui  ou  Non ?



Le Barcoding révèle des tendances dans la diversité des communautés de vers de terre des les forêts tropicales reculées de la Guyane française

Article - 2015 - Soil Biology and Biochemistry
DNA barcoding reveals diversity patterns of earthworm communities in remote tropical forests of French Guiana
Thibaud Decaëns, David Porco, Samuel W. James, George G. Brown, Vincent Chassany, Florence Dubs, Lise Dupont, Emmanuel Lapied, Rodolphe Rougerie, Jean-Pierre Rossi, Virginie Roy

Le barcoding D'ADN ne sépare pas les espèces de Triatoma sud-américaines, des vecteurs de la maladie de Chagas

Article - 2014 - Parasites & Vectors
DNA barcoding does not separate South American Triatoma (Hemiptera: Reduviidae), Chagas Disease vectors
Silvia Andrade Justi, Carolina Dale, Cleber Galvão

Identification moléculaire taxonomique en l'absence d'un "barcoding gap" : un test avec la flore endémique du hotspot océanique des Canaries

Article - 2014 - Molecular Ecology Resources
Molecular taxonomic identification in the absence of a ‘barcoding gap’: a test with the endemic flora of the Canarian oceanic hotspot
Ruth Jaén-Molina, Águedo Marrero-Rodríguez, J. Alfredo Reyes-Betancort, Arnoldo Santos-Guerra, José Naranjo-Suárez, Juli Caujapé-Castells

Une approche rétrospective pour tester les méthodes de barcoding d’ADN

Article - 2013 - PLoS ONE
A Retrospective Approach to Testing the DNA Barcoding Method
Chapple, D. G., & Ritchie, P. A.

Les sept péchés capitaux du barcoding d'ADN

Review - 2013 - Molecular ecology resources
The seven deadly sins of DNA barcoding
Collins, R. A., & Cruickshank, R. H.

Une science émergente au bord de l’inutilité : une revue des huit dernières années du barcoding d’ADN

Review - 2012 - Molecular Ecology Resources
An emergent science on the brink of irrelevance: a review of the past 8 years of DNA barcoding
H. R. TAYLOR, W. E. HARRIS

Barcoding sur les papillons d'Asie centrale : L'augmentation de la dimension géographique ne réduit pas le succès d’identification des espèces de manière significative.

Article - 2009 - Molecular Ecology Resources
DNA barcoding Central Asian butterflies: increasing geographical dimension does not significantly reduce the success of species identification
VLADIMIR A LUKHTANOV, ANDREI SOURAKOV, EVGENY V. ZAKHAROV, PAUL D. N. HEBERT

Le Barcoding d'ADN – une aubaine pour la biologie tropicale ?

Review - 2008 - Biotropica
DNA barcoding—a windfall for tropical biology?
Kress, W. J., & Erickson, D. L.

ADN Barcoding : Taux d’erreurs basé sur des échantillonnages complets

Article - 2005 - PLoS Biology
DNA Barcoding: Error Rates Based on Comprehensive Sampling
Christopher P Meyer, Gustav Paulay

Identifications biologiques par des codes-barres d’ADN

Article - 2003 - Proceedings of the Royal Society of London B
Biological Identifications Through DNA Barcodes
Paul D.N. Hebert, Alina Cywinska, Shelley L. Ball