Le Barcoding révèle des tendances dans la diversité des communautés de vers de terre des les forêts tropicales reculées de la Guyane française
L'étude des schémas des communautés d'invertébrés dans les forêts tropicales est rendu difficile à cause du grand nombre d'espèces localement cooccurrentes, et par le manque des connaissances taxonomiques dans de nombreux groupes d'invertébrés du sol étant donné la mauvaise couverture taxonomique et écologique de ce groupe. Cela représente un obstacle taxonomique mondial pour les études de la biodiversité des sols. Par ailleurs, un nombre croissant d'études ont démontré le potentiel de codes-barres ADN, seuls ou combinés avec d'autres données taxonomiques, comme un outil pouvant atténuer les obstacles taxonomiques.
Dans cette étude, les auteur utilisent les codes-barres ADN pour décrire les assemblages de vers de terre dans une zone de forêt reculé de la Guyane française. Les échantillons sont analysés à l'aide de code à barres ADN, de données morphologiques et écologiques.
Ils réalise des études morphologique pour décrire et identifier les différentes espèces échantillonnées.
Ils déterminent la richesse spécifique dans leurs sites d'étude et établissent une courbe de raréfaction pour estimer la richesse spécifique de la zone d'étude. Ils décrivent la structure des communautés et leurs règles d'assemblage dans les différents types d'habitats étudiés, ainsi que leur distribution dans les differents micro-habitats. Enfin ils déterminer la délimitation des unités taxonomiques moléculaires opérationnelles (MOTUs).
651 séquences COI sont obtenues (87% de réussite de séquençage) et regroupés dans un total de 48 MOTUs (39 à Inselberg et 27 à Pararé).
La divergence moyenne intra-MOTU est de 1,27%, et inter-MOTU de 23,33%, mettant en évidence la pertinence du seuil de 14% pour dissocier les espèces.
26 MOTUs (54% du total) sont associés à un seul type de micro-habitat, 14 (29% du total) observée dans deux micro-habitats, et un seul présent dans les cinq types de micro-habitats.
13 MOTUs (30% du total), représentés uniquement par des juvéniles n'aurais pus être mis en évidence avec une approche traditionnelle d'identification.
Au moins 42 nouvelle espèces ont été découverte grâce à cette études. Ils estiment qu'il pourrait y avoir plus de 60 espèces présentent dans leur zone d’étude. Cela représente une considérable augmentation par rapport aux 22-33 espèces inscrites et actuellement disponibles sur les listes de contrôle pour la Guyane française.
Le barcoding à permis l'identification de plusieurs espèces qui n'aurait pas pue être identifier à l'aide d'analyses morphologiques ou par d'autre techniques taxonomiques.
Le Barcoding peut également être utile pour décrire les tendances des communautés dans les régions peu étudiées, et/ou pour des groupes d'organismes avec une taxonomie mal renseignée, ou présentant de forte difficultés pour l'identification.
Les codes-barres ADN peuvent représenter un moyen efficace de contourner l'obstacle taxonomique et d'augmenter le rythme de la description du motif de la biodiversité pour les taxons d'invertébrés, et/ou les zones géographiques peu étudiés.
