Le barcoding D'ADN ne sépare pas les espèces de Triatoma sud-américaines, des vecteurs de la maladie de Chagas
Le barcoding d'ADN tel que proposé par Hebert et al. (2003)[1] est basé sur la notion de "barcoding gap" : la distance génétique intraspécifique est toujours inférieure à la distance génétique interspécifique (pour la séquence codant la cytochrome c oxydase I (COI)). Ainsi, une espèce est totalement séparée d'une autre espèce par ce "barcoding gap".
Les auteurs testent l'hypothèse selon laquelle il existe un "barcoding gap" entre espèces et son efficacité pour l'identification d’espèces sud-américaines du genre Triatoma.
Pour tester la méthode proposée par Hebert et al.[1], ils calculent les distances intraspécifiques et interspécifiques entre espèces de quatre lignées différentes : infestans, matogrossensis, sordida et rubrovaria, puis regardent si les distances intraspécifiques sont toujours inférieures aux distances interspécifiques. Aussi, ils tentent de discriminer les différentes espèces testées.
Le genre Triatoma est l'un des taxons les plus diversifiés de vecteurs de la maladie de Chagas. L'identification des vecteurs de la maladie est indispensable pour permettre un contrôle sanitaire efficace.
Dans chaque lignée, au moins une des distances intraspécifiques est supérieure aux distances interspécifiques. Ainsi, l'approche d'identification par le barcoding n'est pas efficace pour le genre Triatoma. Cela est probablement due au fait que les espèces de ce genre ont divergé récemment.
L'utilisation de cette méthode pour l'identification de certaines espèces doit donc être faite avec précaution, surtout dans les cas où l'identification est impliquée dans la lutte contre une maladie humaine, telle que la maladie de Chagas.
Aussi, malgré sa puissance et son efficacité chez certains taxons, la méthode basée uniquement sur des code-barres d'ADN proposée par Hebert et al[1] pour cataloguer la biodiversité est ici remise en cause. L'identification et la classification des Triatominae demandent l'utilisation simultanée des outils et connaissances génétiques, morphologiques et écologiques.
Cet article me semble rigoureux. Il n'y aucune remarque à faire à ce sujet.
Cet article montre que l'identification d'espèces par la méthode des distances génétiques proposée par Hebert et al. (2003) [1]ne fonctionne pas pour tous les cas d'étude, comme ici, lorsque les espèces ont divergé trop récemment. Cela confirme le problème de "barcoding gap" et des méthodes de distances, qui avait déjà été cité par Taylor & Harris (2012) [2]. Aussi, il permet de mettre en évidence l'importance de garder un regard critique sur les identifications biologiques effectuées par barcoding, comme ici dans le cas de vecteurs d'une maladie grave.
Background: DNA barcoding assumes that a biological entity is completely separated from its closest relatives by a
barcoding gap, which means that intraspecific genetic distance (from COI sequences) should never be greater than
interspecific distances. We investigated the applicability of this strategy in identifying species of the genus Triatoma
from South America.
Findings: We calculated intra and interspecific Kimura-2-parameter distances between species from the infestans,
matogrossensis, sordida and rubrovaria subcomplexes. In every subcomplex examined we observed at least one
intraspecific distance greater than interspecific distances.
Conclusions: Although DNA barcoding is a straightforward approach, it was not applicable for identifying Southern
American Triatoma species, which may have diverged recently. Thus, caution should be taken in identifying vector
species using this approach, especially in groups where accurate identification of taxa is fundamentally linked to
public health issues.
