Les cerveaux des hommes et des femmes présenteraient certaines différences, il est donc intéressant de comprendre si ces différences sont d'ordre biologique (innées) ou principalement le résultat de facteurs sociaux (acquises).
La principale différence est évidente : le volume moyen des cerveaux féminins est inférieur à celui des cerveaux masculins, ce qui découle directement du fait que les femmes sont en moyenne plus petites que les hommes. Ceci est incontestable. Mais ce fait continue de poser problème en Neurosciences : en effet, quand on étudie des différences plus fines, on peut choisir de prendre en compte la différence de groupe en volume, ou de ne pas le faire.
Ceci implique aussi que, pour réaliser une même tâche cognitive, les hommes et les femmes pourraient utiliser des réseaux cérébraux un peu différents. Dans ce cas précis, les différences existent mais ne sont pas informatives sur les capacités d'un groupe comparé à l'autre.
Une autre manière d'aborder les choses est d'étudier une fonction cérébrale ou une tâche pour laquelle des différences sont bien connues et de rechercher les bases cérébrales de cette différence. Seulement dans ce cas, rien n'indique que les divergences ne sont pas dues à l'éducation ou à d'autres facteurs sociaux...
Il est donc extrêmement difficile dans les études comparant les sexes, de différencier le fait que de réelles différences cérébrales existent (de structure, de connexion des réseaux, d'activations cérébrales, ...) et le fait qu'elles soient vraiment informatives sur des différences de fonctionnement cérébral et de capacités. De plus, comment savoir à quel point les facteurs sociaux ont joué sur les différences sexuelles maintenant "imprimées" dans le cerveau adulte ? L'étude de très jeunes enfants pourrait en partie répondre à ces questions même si elle pose d'évidents problèmes éthiques et techniques.
Pour finir, il convient de se poser la question de l'utilité de ces études démontrant des différences cérébrales entre les hommes et les femmes. Veut-on prouver qu'il y a des domaines ou les un(e)s sont supérieur(e)s aux autres ? Cela ne sera pas très informatif dans un contexte de tous les jours car des moyennes de groupes ne permettent en aucun cas d'étendre les conclusions à une personne particulière. En revanche, dans les cas de pathologies et dans un contexte de traitement personnalisé, il convient de connaître et de prendre en compte ces différences afin de s'adapter au mieux aux besoins du patient.